El primer dia d’institut, Haruhi Suzumiya va fer un anunci que va sorprendre a tothom: “No tinc cap interès per la gent normal. Si algú aquí és un alien, viatger en el temps, control lliscant o esper, si us plau, vine a veure’m. Això és tot." Kyon, un ésser humà totalment normal que té la desgràcia de seure a l’escriptori davant de Haruhi, es va preguntar al principi si feia broma. Però Haruhi Suzumiya sempre és seriós. Sempre. En qualsevol cas, Kyon segur que mai no va voler involucrar-se en les seves trapelles. Però quan una conversa casual dóna accidentalment a Haruhi la idea de formar un club dedicat al misteriós descobriment i investigació de fenòmens misteriosos, Kyon es troba ja en cap, sobretot quan Haruhi el converteix en el seu primer reclutat. Altres membres del club són Nagato Yuki, una noia tranquil·la i llibresca; Mikuru Asahina, una noia massa adorable escollida per Haruhi per ser la "mascota" del club; i Koizumi Itsuki, un noi sempre somrient escollit per Haruhi per fer el paper de "misteriós estudiant de transferència". I així neix la Brigada SOS! Les coses només es tornen més estranyes i difícils per a Kyon, però, quan descobreix que Haruhi s'ha envoltat sense saber-ho de la mateixa gent que ha estat desitjant descobrir durant tot aquest temps: Nagato Yuki és en realitat un alienígena, Asahina Mikuru és un viatger en el temps i Koizumi Itsuki és un esper! I per què han aparegut totes aquestes persones en primer lloc? Per què, per Haruhi, és clar! Fa tres anys, Haruhi va causar algun tipus de pertorbació que cadascun d’ells considera que val la pena investigar. I Kyon, per qualsevol motiu, sembla ser l'únic "normal" de tot el grup. La seva pregunta més important: per què ell?
