A Tòquio reconegut com a Shinto Teito l'any 2020, el minato Sahashi, de 19 anys, és molt intel·ligent, però per la seva incapacitat de fer front a la pressió ha fallat dues vegades la prova d'accés a la universitat.
Minato coneix una noia anomenada Musubi, que en realitat cau al cel un dia. Minato aviat s'assabenta que és una "Sekirei" que el va escollir com el seu "Ashikabi", entre el críptic grup d'individus que posseeixen la característica heretada que és capaç de crear un acord amb els petons amb els Sekirei. Això els permet utilitzar el seu poder total en conflictes d’eliminació amb altres Sekirei i el lliga a Sekirei. La batalla de Sekirei, formada per 108 adorables noies, dones grosses i bishōnen, va participar en un concurs anomenat "Pla Sekirei" format per Hiroto Minaka, el president i fundador de la misteriosa i poderosa Corporació MBI.
Minato aviat s'assabenta que ser cònjuge d'una dona no és tot un joc i divertit, sobretot quan és escollit per diversos altres Sekirei que formen un acord amb ell, com el seu Ashikabi. Ara, Minato hauria de descobrir un mètode per sobreviure als conflictes que amenacen la vida del Pla Sekirei i la intensa competència dels seus companys per ell.
Els Sekirei són éssers superpotents que fan servir un altre codi igual que el d’una persona. El vaixell espacial Sekirei es va estavellar a la Terra el 1999 a l’illa Kamikura i va ser descobert per dos alumnes, Hiroto Minaka (president potencial del MBI) i Takami Sahashi (investigador potencial del MBI i mare del Minato). A bord, la parella havia descobert 108 formes de vida, explicades com "Un pilar i 107 criatures".
