Negi Springfield, un mag de 10 anys, aspira a convertir-se en un "Magister Magi", un mag particular que, sota el pretext d'operar sota una ONG, utilitza els seus poders per ajudar a persones normals. Després de graduar-se a la Merdiana Magic Academy de Gal·les, se li podia delegar la feina d’ensenyar anglès a l’escola mitjana, on el seu curs d’assistència consta de 31 filles, cadascuna molt particular a la seva manera de Mahora Academy. L’espectacle detalla les experiències i el seu pas pel Japó mentre els ajuda en els seus problemes, aconsegueix l’aprovació i el respecte dels seus alumnes i s’enfronta als perills màgics tant de l’interior com de fora de l’Acadèmia Mahora. La principal relació de Negi és amb Asuna Kagurazaka, companya d’habitació i el seu alumne, que inicialment no li agrada, però després el reconeix com un amic i es converteix en el seu company, tot i que totes les dones tenen la seva història i el seu personatge. També busca el seu pare que es diu el Mestre dels Mil.
Tot i que inicialment semblava una altra obra de comèdia romàntica amb nombrosos personatges bishōjo com Love Hina, l'espectacle ha avançat directament en una barreja de romanç, fantasia, terror, acció i comèdia. Akamatsu va dir que volia fer alguna cosa "diferent" de Love Hina. El mateix Negi és prepubescent i diverses de les seves escenes amb Asuna són variacions úniques de la tendència de la "incòmoda escena romàntica" del manga harem, desactivat immediatament i que només es juga per riure. A més, moltes de les noies no són capaces de fer-lo passar en un sentit infantil, sense expectatives íntimes en el lector [estudi únic?]
Mantenint aquesta moda en particular, el mateix Negi es considera un altre protagonista masculí típic del manga, així com una comparació amb Keitaro Urashima de Love Hina. És treballador, competent i tractat amb amabilitat, però a causa del seu aspecte i edat (molt per sota de la majoria dels seus alumnes), se sent absolutament no amenaçador i li costa ser pres seriosament com a professor; diversos dels seus alumnes el manegen com un nen astut, si no un company de joc (o un joc)
