Marie està atrapada en una situació horrible. Els seus companys de classe la turmenten constantment i la mestra la molesta regularment. Sense cap altre lloc on recórrer, es troba demanant ajuda sobrenatural a un dels set dimonis dels set misteris de la seva escola. Tot el que desitja és la mort dels seus cruels companys i professors. Fins on estarà disposada Marie a arribar per aconseguir els assassinats que l’alliberarien del seu infern vivent?
Higanbana no Saku Yoru ni té lloc en un entorn escolar sense nom i es compon de nombroses històries curtes autònomes, cadascuna explicada des de la perspectiva d'un estudiant o membre del personal de l'escola. Aquestes històries presenten l’assetjament com a principal tema sobreposat, ja que el protagonista de cada història es representa com una víctima de l’assetjament o un assetjador. Higanbana gira al voltant d'una sèrie de llegendes urbanes causades per éssers sobrenaturals anomenats y? Kai, cadascun dels quals reivindica la propietat d'un "misteri" particular i mata qualsevol que intenti investigar-lo. Hi ha un total de set "misteris" al començament de la sèrie, amb nombrosos y? Kai lluitant entre si en una guerra de gespa en curs per la propietat d'aquests misteris, que es concedeix als set y? Kai que surten victoriosos en el conflicte . Els protagonistes de les històries interactuen amb almenys un dels residents de l'escola y? Kai, que obliguen els protagonistes a tractar les conseqüències de les seves accions quant a l'assetjament escolar.
