Després de l’incident de pirata marítim de Tuatha de Danaan, les coses tornen a la normalitat a l’escola secundària Jindai de Tòquio, o tan normal com Sousuke protegeix Kaname. Després d’assabentar-se de qui va trair a Mithril i va provocar l’incident del segrest marítim, Kurz i Mao són enviats a una missió d’alt secret per capturar i recuperar el traïdor.
Tot i això, les vides de Sousuke i Kaname estan a punt de canviar quan es troben amb Leonard Testarossa, un membre d’alt rang d’un misteriós grup anomenat Amalgam. Després de la seva reunió, Leonard l’adverteix que faria qualsevol cosa per reclutar-la fins i tot si això significa guerra als carrers de Tòquio.
