L’Imperi de Britània va envair el Japó mitjançant armes de robot gegants anomenades Knightmare Frames. Japó es va reduir a l’Àrea 11, una colònia imperial, i la seva gent es coneixia com els Elevens. Aleshores, Lelouch, un jove britànic exiliat al Japó, va prometre al seu amic japonès Suzaku que destruiria Britània.
Anys més tard, Lelouch és un estudiant de secundària que salta regularment de l'escola per jugar als escacs i jugar. Quan ensopega amb un grup terrorista d’Onze que és atrapat per un grup de treball britànic després de robar un secret militar, Lelouch es retroba inesperadament amb Suzaku, que treballa com a membre de l’exèrcit britànic. Quan arriba la resta del grup de treball, Suzaku és disparat per desobeir les ordres, mentre que el secret militar, una jove, dóna a Lelouch el poder de fer que qualsevol obeeixi qualsevol ordre. Prenent el comandament dels terroristes, Lelouch adopta l'àlies "Zero" i comença la seva rebel·lió per aixafar Britannia d'una vegada per totes. No obstant això, el seu gran amic aviat es converteix en un dels seus enemics més preocupants quan Suzaku es converteix en el pilot del nou model de proves de Britannia Knightmare, el Lancelot.
Nota: Storyline és una mica diferent de l'anime.
