Hi havia un univers paral·lel anomenat Gamindustri. Fa molt de temps, a Gamindustri, es va produir un gran incident. Però la conspiració de les deesses impulsades pels quatre continents, la va aixafar i va portar la pau. Aquesta és la història del que va passar després que les deesses resolguessin l'incident.
Basat en la sèrie de jocs de ps3, els jocs es burlen de diversos fets i detalls de la indústria del joc; fins i tot fins al punt que es van veure afectats els noms dels personatges. Per exemple, "Neptunia" és una referència al "Neptú" inèdit del Sega.
