Venus Versus Virus gira al voltant de la vida de les noies anomenades Sumire Takahana i Lucia Nahashi, que es van conèixer mentre Sumire descobria misteriosament els secrets de Lucia a Venus Vanguard, un grup que caça dimonis anomenats "Virus" dirigits pel pare adoptiu de Lucia, Nahashi. Ara, mentre accepten feines de persones que troben el fullet Venus Vanguard, lluiten contra el "Virus" mentre busquen les seves veritables arrels i motius, i per això, Lucia descobreix que Sumire pot ser molt més útil del que sembla.
