De Wikipedia: ambientada a l’edat moderna, la història tracta de Miharu Rokujou, que només volia viure una vida normal i heretar un restaurant Okonomiyaki. De moment, el seu problema més gran era la constant molestia de Kouichi Aizawa i Durandal Thobari Kumohira, que van fundar un club Nindō (忍 道?, Il·luminat "Camí del ninja"). Miharu no volia tenir res a veure amb els "ninjas" i els rebutja cada vegada. Però aviat, és atacat per un grup real de ninjas i està protegit per Kouichi i Kumohira. Allà, Miharu descobreix el món ninja ocult Nabari, els papers del seu company de classe i professor en aquell món, i de l’art secret Shinra Banshou (森羅 万象 Shinrabanshō?, Lit. "totes les coses de la natura") dins seu. L’art secret, que conté tot el coneixement del món, és molt desitjat a Nabari. I per això, Miharu no pot tornar a la seva vida normal. Ha de convertir-se en el "governant de Nabari" per sobreviure. De Baka-Updates: Rokujou Miharu era un estudiant de secundària aparentment reticent que vivia al seu propi món. No obstant això, dins d'ell, s'amagava el poder final de Nabari, "Omnipotent". Per posseir aquesta arma suprema, el Pack de Llops d'Iga va jurar portar Miharu de tornada al poble d'Iga. D’altra banda, el professor d’anglès de Miharu, Kumohira sensei, i el company de classe, Kouichi, eren els ninjas Banten que tenien com a missió protegir Miharu. Es va iniciar així una guerra lliurada per la propietat de "Omnipotent". Per sobreviure, Miharu ha d’entrar al món ocult de Nabari, per convertir-se en el rei.
