Highschool of the Dead es troba al Japó actual, ja que el planeta és colpejat per una fatal pandèmia que converteix la gent en zombis, anomenat eufemísticament dels personatges principals com "Ells" (?? Yatsura?).
La història segueix diversos estudiants de secundària (així com la infermera de la universitat) mentre fan front a un esdeveniment catastròfic a tot el món anomenat "Brot". També han de fer front als riscos addicionals de la caiguda social, en el tipus de supervivents perillosos, i al potencial deteriorament dels seus codis morals particulars mentre el repartiment intenta sobreviure a l’apocalipsi zombi. A partir del HS, els alumnes s’escapen a la ciutat al lloc on han de fer front als seus alumnes i a un professor contaminat. Aconsegueixen un gos i una nena petita i valoren els supervivents a les seves cases. Després, finalment es dirigeixen a una escola primària que presumptament és una zona segura, passen per una comissaria de policia i duren al centre comercial.
