resum
El 2065, la Terra es troba al centre d’una guerra amb alienígenes de dimensions addicionals anomenada Nova. Les forces armades desenvolupen i entrenen Pandoras, filles que poden fer ús d’un teixit genètic especial anomenat Estigmes (Seikon) per demostrar habilitats i sistemes d’armes de combat sobrehumans. Donant suport als Pandora hi ha socis masculins anomenats Limiters, que utilitzen poders particulars de "congelació" per restringir la llibertat de la seva competència.
Qualsevol d’aquests limitadors és Kazuya Aoi, la germana del qual difunta era Pandora. Kazuya coneix una forta Pandora, Satellizer el Bridget, sobrenomenada la Reina Intocable, pel seu estil callós i la seva extrema afefòbia mentre assistia a West Genetics Academy al Japó. Tot i les advertències dels seus companys d’escola per evitar allunyar-se de Satellizer, Kazuya fa amistat amb ella i demana que sigui la seva limitadora. Satellizer accepta associar-se amb ell, tot i que aviat cau en una aventura amorosa de la competència anomenada Rana Linchen, que creu que Kazuya és la seva ànima bessona després de donar-li suport durant diverses lluites contra opositors a la universitat de canviar de posició i cursos. Quan els Neva assalten el seu col·legi utilitzant Pandoras sota el seu control per accedir al laboratori subterrani de la institució, la seva competència es deixa de banda.
Satellizer i Kazuya s’uneixen a uns quants alumnes de West Genetics en un laboratori d’Alaska, on poden ajudar junts amb la tasca Evolution Pandora (E Pandora), permetent a les dones normals aconseguir trasplantaments d’estigmes per convertir-se en Pandoras. Quan un dels E Pandoras es torna més desconcertant, els altres qüestionen si els medicaments de l’experimentació no són perillosos, sinó que s’obeeixen als desitjos de l’organització empresarial i del gerent. En comprovar que fins que siguin prescindibles, s’utilitzaran, l’E-Pandora Amelia Evans dirigeix una revolta que es converteix en un ple a Nova Clash.
Kazuya aprèn més sobre els vincles de la seva família amb la Nova i la Pandora. L’avi de Kazuya, Gengo Aoi, va trobar la mateixa feina, que configura Rana i Satellizer a un equip únic amb dones anomenades valquíries. No obstant això, al llarg de tota l'activitat de demostració amb Nova dissenyada a mida que és fictícia, els Pandora experimenten deliris, a més que el fictici Novas es converteix en una legió de centenars de Nova que delminen la Genètica. Gengo ho contraresta desencadenant les llegendàries Pandoras que són les tietes de Kazuya. L'esforç de Chevalier per assassinar Gengo donant feina a diversos condemnats anomenats Busters, quan alguns dels Pandoras llegendaris es transformen en letals Novas, però l'assignació es desfà.