Caixa Medaka

La història segueix Medaka Kurokami, un magnètic i atractiu alumne de l'Acadèmia Hakoniwa de primer any que ha estat elegit president del Consell d'Estudiants amb el 98% dels vots. Aborda aquestes peticions de la seva manera inadequada i, amb tota l'ajuda amb el seu amic de la infància, Zenkichi Hitoyoshi, posa en marxa una bústia de suggeriments. Al llarg de la narració, els llocs de lideratge del consell estudiantil són distribuïts per ella a altres alumnes com Mogana Kikaijima i Kouki Akune.

El Consell d’Estudiants s’assabenta que el president de l’acadèmia vol iniciar un treball per experimentar de manera poderosa amb els alumnes de rutina, el Flask Plan, anomenat Normals, per convertir-los en anormals, és a dir, persones amb poders sobrehumans. El Consell d’Estudiants entra en conflicte amb altres alumnes que participen en la feina i s’infiltra al laboratori secret de l’escola.

Poc després, Misogi Kumagawa que vol substituir el Consell d'Estudiants per un dels seus propis de Medaka desafia a un campionat el Consell d'Estudiants. Dels seus poders, dos alumnes són segellats després de la derrota de Kumagawa i completen el seu transport a l'Acadèmia Hakoniwa. Els dos solen ser més forts que els anormals i es denominen "No són iguals". El seu líder, Anshin'in, amenaça amb reiniciar el Pla Flask un cop els graduats de Medaka condueixin els seus successors a ser entrenats pel Consell d'Estudiants. No obstant això, l'estratègia precisa d'Anshin'in seria tenir la condició de president del Consell d'Estudiants de Zenkichi usurpar Medaka. Zenkichi té èxit i ho fa amb la pretensió de millorar la vida estudiantil. Convence Medaka perquè permeti el pla Flask per a aquelles persones que no hi vulguin.

Acollida de les seves responsabilitats com a presidenta del Consell d’Estudiants, Medaka s’implica poc després en un campionat per determinar el seu marit. Medaka es converteix en el guanyador, escollint casar-se amb Zenkichi després que tots dos es graduen i entrin a si mateixa. Poc després, el proper amic Hansode Shiranui de Zenkichi abandona l'escola. Zenkichi i Medaka troben que acabarà sent un amfitrió més per a Iihiko Shishime, un ésser de 5000 anys. És derrotat per Medaka i s'esvaeix després de deixar la Lluna de caure cap a la Terra, simplement per reaparèixer a temps per al servei de final d'any. Després del seu retorn, assumeixi la posició del seu pare per davant del conglomerat d'empreses de la seva família, el grup Kurokami, per tornar més tard, ja que la nova presidenta i Medaka decideixen abandonar l'acadèmia. Deu anys després, Zenkichi havia treballat el grup Kurokami, convertint-se en un treballador d’alt nivell abans de reunir-se amb ella, amb tots dos jurant que no es tornarien a dividir mai més.