Last Order comença quan la nanotecnologia de Desty Nova ressuscita Alita a la ciutat flotant de Tiphares. Els secrets negres de la ciutat estan exposats amb brutalitat, però sembla ser una petita porció del món que és complicada. Entrant a l’espai amb empreses antigues i noves per aprendre més sobre el seu passat oblidat i per igual, per buscar el seu amic perdut Lou Collins, Alita es troba atrapada en una batalla interplanetària entre les principals potències del sistema solar que es va colonitzar. De camí, forma una aliança amb tres de les rèpliques d’Alita que ara han començat a creure per si mateixes, un superhacker desagradable, i el mateix Nova quan entra al Zenith of Things Tournament (ZOTT), un concurs de lluita que se celebra cada 10 anys. Incloent la forma en què va aparèixer la Terra a partir d’un hivern d’impacte cataclísmic que va acabar amb la majoria del públic durant tota la narració, es mostra més història sobre l’escenari de Battle Angel Alita que no s’havia revelat a la cadena anterior.
